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中华卫生应急电子杂志 ›› 2023, Vol. 09 ›› Issue (02) : 115 -117. doi: 10.3877/cma.j.issn.2095-9133.2023.02.011

经验交流

COVID-19疫情分析报告框架和指标及Rstudio软件应用研究
马涛, 王恒学, 徐园园, 汪君君, 赵跃媛, 张大卫, 伍蓉, 孙思萌, 丁松宁, 范华锋, 丁洁()   
  1. 210003 江苏南京,南京市疾病预防控制中心急性传染病防制科
    210003 江苏南京,南京市疾病预防控制中心性病艾滋病防制科
    210003 江苏南京,南京市疾病预防控制中心慢性传染病防制科
  • 收稿日期:2023-01-10 出版日期:2023-04-18
  • 通信作者: 丁洁

COVID-19 epidemic analysis report framework and indicators and application of Rstudio software

Tao Ma, Hengxue Wang, Yuanyuan Xu   

  • Received:2023-01-10 Published:2023-04-18
引用本文:

马涛, 王恒学, 徐园园, 汪君君, 赵跃媛, 张大卫, 伍蓉, 孙思萌, 丁松宁, 范华锋, 丁洁. COVID-19疫情分析报告框架和指标及Rstudio软件应用研究[J]. 中华卫生应急电子杂志, 2023, 09(02): 115-117.

Tao Ma, Hengxue Wang, Yuanyuan Xu. COVID-19 epidemic analysis report framework and indicators and application of Rstudio software[J]. Chinese Journal of Hygiene Rescue(Electronic Edition), 2023, 09(02): 115-117.

2019新型冠状病毒病(corona virus disease 2019,COVID-19)疫情防控先后经历了突发疫情应急围堵阶段、常态化防控探索阶段和全链条精准防控的"动态清零"阶段等3个阶段[1]。防控策略和措施要结合疫情形势和规模的动态变化进行调整,专业的疫情分析和研判是行政决策的技术支撑[2,3,4]。疫情分析过程中,对分析框架和指标的选取多依赖于研究者的专业判断,缺乏一套系统、完整的分析评价指标作为参考。受疫情规模、人工分析的效率、分析者个人经验等因素影响,分析指标的选取在各地疫情分析中各有侧重[5,6],目前未见对COVID-19疫情分析框架和指标进行探讨的相关报道。为指导建立每日疫情分析报告框架和指标,规范开展疫情分析,笔者对疫情分析指标体系进行探讨,评价自动化分析技术在疫情分析中的应用效果,以提高疫情分析效率和质量。

1
梁万年,刘民,刘珏,等.我国新型冠状病毒肺炎疫情防控的"动态清零"策略[J].中华医学杂志2022102(4):239-242.
2
周燕,肖建鹏,胡建雄,等.我国常态化防控阶段的新型冠状病毒肺炎本土疫情流行特点和防控经验[J].中华流行病学杂志202243(4):466-477.
3
沈洪兵.新型冠状病毒肺炎疫情后我国疾控机构改革发展需要思考的几个问题[J].中华流行病学杂志202243(1):1-4.
4
孙点剑一,李立明.浅谈公共卫生与疾病预防控制体系建设[J].中国科学院院刊202035(9):1096-1104.
5
胡敏,岳勇,王亮,等.成都市首起新型冠状病毒奥密克戎变异株引起的本土聚集性疫情分析[J].中国预防医学杂志202223(5):346-350.
6
李慧,王文瑞,范蒙光,等.2021年10月内蒙古自治区额济纳旗新型冠状病毒肺炎疫情流行病学特征分析[J].中华流行病学杂志202243(2):189-194.
7
冯子健.传染病突发事件处置[M].北京:人民卫生出版社,2013:43-46.
8
郭建花,张世勇,刘晓松,等.石家庄市藁城区新型冠状病毒肺炎暴发疫情流行特征分析[J].中华流行病学杂志202142(10):1769-1773.
9
Madewell ZJYang YLongini IM Jr,et al.Household secondary attack rates of sars-cov-2 by variant and vaccination status:an updated systematic review and meta-analysis[J].JAMA Netw Open20225(4):e229317.
10
Yi BFen GCao D,et al.Epidemiological and clinical characteristics of 214 families with COVID-19 in Wuhan,China[J].Int J Infect Dis2021105:113-119.
11
薛泽润,尤海菲,吴瑞,等.新型冠状病毒肺炎确诊病例不同病程的新型冠状病毒核酸检测分析[J].中华实验和临床病毒学杂志202135(6):728-731.
12
Ma HLZhang JQWang J,et al.COVID-19 outbreak caused by contaminated packaging of imported cold-chain products - liaoning province,China,July 2020[J].China CDC Wkly20213(21):441-447.
13
Li QGuan XWu P,et al.Early Transmission dynamics in wuhan,china,of novel coronavirus-infected pneumonia[J].N Engl J Med2020382(13):1199-1207.
14
Zhang MXiao JPDeng AP,et al.Transmission dynamics of an outbreak of the COVID-19 delta Variant B.1.617.2 -guangdong province,China,May-June 2021[J].China CDC Wkly20213(27):584-586.
15
Zhao QLYang MWang Y,et al.Effectiveness of interventions to control transmission of reemergent cases of COVID-19 - Jilin Province,China,2020[J].China CDC Wkly20202(34):651-654.
16
魏永越,官锦兴,赵杨,等.SEIR动力学模型辅助北京市新发地新型冠状病毒肺炎疫情传播起始时间溯源和防控效果评价[J].中华流行病学杂志202041(11):1772-1776.
17
张恒之,丁中兴,沈明望,等.新型冠状病毒疫情防控中的理论流行病学模型研究进展[J].中华预防医学杂志202155(10):1256-1262.
18
胡建雄,刘涛,肖建鹏,等.广东省新型冠状病毒肺炎输入风险评估与预警[J].中华流行病学杂志202041(5):657-661.
19
郑阳,陈艳伟,李爽,等.运用风险指数法对新冠肺炎疫情开展快速风险评估—以新发地市场疫情为例[J].国际病毒学杂志202128(5):407-411.
20
吴双胜,潘阳,段玮,等.北京市一起境外输入无症状感染者相关新冠肺炎聚集性疫情的溯源调查[J].国际病毒学杂志202128(3):187-191.
21
吴双胜,马春娜,张莉,等.全国首起新型冠状病毒Alpha变异毒株相关本地疫情的溯源调查[J].中华预防医学杂志202155(11):1311-1315.
22
赖圣杰,冯录召,冷志伟,等.传染病暴发早期预警模型和预警系统概述与展望[J].中华流行病学杂志202142(8):1330-1335.
23
王树坤,赵世文,伏晓庆,等.传染病暴发或流行的探测、监测和预警[J].中华流行病学杂志202142(5):941-947.
24
Murphy CJackson BFontaine M.Tools for rapid analysis of blood usage and inventory during the COVID-19 pandemic[J].Transfusion202060(10):2199-2202.
25
RStudio.rmarkdown[EB/OL].(2021-04-14)[2022-06-11].

URL    
26
中华人民共和国中央人民政府.关于印发新型冠状病毒肺炎防控方案(第九版)的通知[EB/OL].(2022-06-27)[2023-01-10].

URL    
27
吴俣,刘珏,刘民,等.新型冠状病毒Omicron变异株的流行病学特征及其科学防控建议[J].中华疾病控制杂志202226(5):497-501.
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